Transformer la prise en charge des patients souffrant de maladies rares

Contexte

80% des maladies rares sont de cause génétique. Or, il est généralement très difficile de trouver quel gène est touché, ce qui implique un délai particulièrement long, plusieurs années, entre les premiers symptômes et le diagnostic. Toutes les maladies rares ne sont pas traitables de façon spécifique, mais le simple fait de poser le bon diagnostic, transforme la vie des patients.

Projet

Le projet propose d’utiliser l'approche génétique, une solution efficace pour éviter l'errance médicale et surtout permettre de déterminer le traitement adéquat rapidement. La méthode choisie, le séquençage du génome complet (Whole Genome Sequencing, WGS), est disponible en recherche, mais jusqu’ici non disponible en clinique, ce qui promet de placer les HUG à la pointe de la médecine génomique et surtout, de la prise en charge des très nombreux patients atteints de maladies rares.

Ce projet vise à utiliser des technologies les plus récentes de séquençage de l'ADN et de mettre en place des approches computationnelles innovantes pour connaître le génome complet d’un patient et y repérer des anomalies explicatives de sa maladie génétique. L’analyse de génomes complets pourrait permettre de trouver les causes génétiques de maladies jusqu'à présent inexpliquées en offrant un diagnostic le plus précis et le plus informatif possible pour le patient.

Où en sommes-nous ?

Avril 2024: A la suite du séquençage du Génome complet (WGS) déjà mis en œuvre dans le Service de Médecine Génétique, l'analyse des variants structuraux et le séquençage ciblé ou complet du transcriptome ARN pour l'étude de l'expression des gènes s’est poursuivi. Une nouvelle méthode d’analyse dîtes « en trio » du génome (enfant malade et parents non atteints) a été mise au point pour faciliter l’identification des variants pathogènes dans les cas où un variant de novo ou une maladie récessive sont soupçonnés. A ce jour, 74 familles ont été bénéficié d’un séquençage du Génome et/ou du transcriptome. Pour 40 cas, l’analyse est formellement terminée et 14 de ces patients ont pu recevoir un diagnostic définitif ou très probable de leur pathologie, ayant échappé préalablement aux stratégies standards. 

Mars 2023: A la suite du séquençage du Génome complet (WGS) déjà mis en oeuvre dans le Service de Médecine Génétique, l'analyse des variants structuraux et le séquençage ciblé ou complet du transcriptome ARN pour l'étude de l'expression des gènes ont été mises en oeuvre. L'application de toutes ces stratégies à 36 patients a permis un diagnostic précis chez 10 d'entre eux (taux de diagnostic de 28%), ce qui n'avait pas été possible malgré les meilleures stratégies standard.

Septembre 2021 : Après deux premières années de recherche, le séquence du génome complet a été réalisé au sein du laboratoire de génomique des HUG. 38 patients ont ainsi pu être recrutés au Service de médecine génétique, pour lesquels un diagnostic n’avait pas pu être posé par les meilleurs standards actuels. Le WGS a identifié la cause génétique dans 5 des 38 cas analysés, soit un taux de rendement diagnostique de +13%, ce qui est un excellent résultat, comparé aux études actuelles dans ce domaine. 
Convaincus de l’importance de ce WGS, le projet reçoit un nouveau financement, permettant de poursuivre les recherche, notamment en complétant les méthodes d’analyse du génome afin d’en maximiser le rendement diagnostique. 

Chef de projet

Professeur Marc Abramowicz, Médecin chef de service, Service de médecine génétique, Département de diagnostique, Hôpitaux universitaires de Genève et Professeur ordinaire, Département de médecine génétique et développement, Faculté de médecine de l'Université de Genève